La Fondazione CISOM non persegue fini di lucro. È amministrata da un Consiglio Direttivo i cui membri sono nominati dal Sovrano Consiglio del Sovrano Militare Ordine di Malta. Gli uffici di Presidenza, Direzione Nazionale e Segreteria Centrale hanno sede nella Casa dei Cavalieri di Rodi in Piazza del Grillo, 1 a Roma.
L’organizzazione territoriale prevede la suddivisione del territorio nazionale in Raggruppamenti, dai quali dipendono a livello locale i Gruppi. Ogni Gruppo può essere organizzato al suo interno in Sezioni intese sia come specialità (per esempio sezione cinofili, sezione fluviale), sia come distaccamenti sul territorio.
Possono essere iscritti al Corpo come volontari effettivi, dopo un periodo di prova, tutti i cittadini italiani, uomini e donne, maggiorenni (o maggiori di anni 16 previo consenso dei genitori).
