Il CISOM ha principalmente compiti di pronto soccorso sanitario, soccorso tecnico-logistico ed assistenza alla popolazione nell’ambito del sistema nazionale di protezione civile in caso di pubbliche calamità sul territorio italiano. La risposta ad esigenze emergenziali nazionali avviene attraverso la propria Colonna Mobile Nazionale composta di mezzi ed attrezzature sanitarie, logistiche e campali con cui riesce ad allestire entro 72 ore da un eventuale emergenza due aree di accoglienza per una capacità totale di oltre 500 ospiti. Il CISOM organizza e gestisce autonomamente tutti i servizi di campi di accoglienza sia per quanto riguarda la logistica (vettovagliamento, attendamento, servizi igienici ecc.) che sotto il profilo sanitario con assistenza medica, psicologica e veterinaria.
Nel rispetto della sua vocazione sanitaria il Corpo è in grado di fornire, in caso di maxiemergenze sanitarie, numerosi dispositivi d’emergenza quali Posti Medici Avanzati di I° livello (PMA), ambulanze ed ambulatori mobili. Avvalendosi di volontari medici, infermieri, psicologi, farmacisti e soccorritori, il Corpo svolge attività di supporto sanitario anche in convenzione con i servizi 118, di assistenza e protezione a manifestazioni, grandi eventi nonché servizi di trasporto di infermi e disabili. I volontari del CISOM costituiscono Sezioni specialistiche per garantire l’operatività e la formazione specialistica necessaria in qualsiasi momento sia richiesta. Tra le specialistiche si contano quattro sezioni nazionali di Valutazione e Pronto Impiego (VePI, nord-ovest, nord-est, centro e sud), una sezione nazionale Unità Sala Operativa Mobile (USOM), una sezione nazionale Cucine, quattro sezioni nazionali di logistica (per la gestione e la manutenzione dei mezzi e delle attrezzature della Colonna Mobile Nazionale), numerose sezioni per interventi in caso di dissesti idrogeologici, cinofile, antincendio boschivo (AIB), soccorso nautico e sezioni di volo.